Особенности исчисления налоговой базы при переходе на упрощенную систему налогообложения с общего режима установлены статьей 346.25 НК РФ.
В частности, подпунктом 3 п. 1ст. 346.25 для организаций, которые до перехода на УСН применяли метод начислений при исчислении налога на прибыль, установлено следующее правило: не включаются в налоговую базу денежные средства, полученные после перехода на УСН, если указанные суммы были включены в доходы при исчислении налоговой базы по налогу на прибыль организаций.
Таким образом, если организация до перехода на УСН реализовала покупателям товары (работы, услуги) и, соответственно, отразила в налоговом учете доходы от реализации, то поступившие от этих покупателей денежные средства (в периоде применения УСН) в доходы не включаются.
Правила признания доходов в аналогичной ситуации для индивидуальных предпринимателей статьей 346.25 не предусмотрены. В отличие от организаций, применяющих метод начислений, индивидуальные предприниматели исчисляют доходы для целей налогообложения НДФЛ только кассовым методом. Согласно пп. 1 п. 1 ст. 223 НК РФ при получении доходов в денежной форме дата фактического получения дохода определяется как день выплаты дохода, в том числе перечисления дохода на счета налогоплательщика в банках либо по его поручению на счета третьих лиц.
Таким образом, встает вопрос: когда индивидуальному предпринимателю признавать доходы для целей налогообложения: на дату отгрузки (общий режим) или на дату получения денежных средств (УСН)?
В письме Минфина РФ от 18.09.2013 № 03-04-05/38629 сделана попытка заполнить пробел в законодательстве.
По мнению финансового ведомства, денежные средства, полученные индивидуальным предпринимателем в период применения УСН за товар, отгруженный в период применения общего режима, должны быть учтены в составе доходов от реализации товаров (работ, услуг) на дату их поступления на расчетный счет индивидуального предпринимателя и включаться в налоговую базу по упрощенной системе налогообложения.