Федеральная налоговая служба письмом от 20.09.2013 № АС-4-2/16981 разъяснила порядок применения отдельных положений федеральных законов от 28.06.2013 № 134-ФЗ и от 23.07.2013 № 248-ФЗ.
Согласно абз. 4 п. 8 ст. 101 НК РФ (в редакции закона № 248-ФЗ) в случае обнаружения в ходе налоговой проверки суммы налога, излишне возмещенной на основании решения налогового органа, в решении о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения (либо в решении об отказе в привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения) указанная сумма признается недоимкой по налогу со дня фактического получения налогоплательщиком средств (в случае возврата суммы налога) или со дня принятия решения о зачете суммы налога, заявленной к возмещению (в случае зачета суммы налога).
В письме ФНС обращает внимание налоговых органов, что указанные суммы подлежат отражению в решениях, принимаемых налоговыми органами с 24.08.2013 вне зависимости от периода, когда была начата налоговая проверка. Кроме того, данная норма не ограничена видами налога, по которым в данном случае в соответствующем решении может быть приведена информация о признании излишне возмещенных сумм недоимкой.