В письме ФНС России от 18.10.2013 № ЕД-4-3/18727 рассмотрена ситуация, когда медицинская организация до 31.12.2011 г. направила в налоговый орган заявление на применение нулевой налоговой ставки по налогу на прибыль. Однако по итогам 2011 года организация представила первичную декларацию по налогу на прибыль с налоговой ставкой 20%, а впоследствии в уточненной декларации за тот же налоговый период применила для расчета налога на прибыль налоговую ставку 0% в соответствии со ст. 284.1 НК РФ.
По общему правилу, установленному п. 5 ст. 284.1 НК РФ, организации, изъявившие желание применять налоговую ставку 0%, не позднее чем за один месяц до начала налогового периода подают в налоговый орган по месту своего нахождения заявление и копии лицензии (лицензий) на осуществление медицинской деятельности.
При этом частью 8 Федерального закона от 28.12.2010 № 395-ФЗ было предусмотрено, что для применения с 1 января 2011 года нулевой налоговой ставки организации подают вышеуказанные документы не позднее 31 декабря 2011 года.
Пунктом 6 ст. 284.1 НК РФ установлено, что организации, применяющие налоговую ставку 0%, по окончании каждого налогового периода вместе с налоговой декларацией подают в налоговый орган сведения:
- о доле доходов от осуществления образовательной и (или) медицинской деятельности;
- о численности работников в штате организации;
- о численности медицинского персонала, имеющего сертификат специалиста, в штате организации.
Исходя из норм статьи 284.1НК РФ, в письме налогового ведомства сделан вывод: если организация своевременно подала заявление о применении нулевой ставки по налогу на прибыль, то она вправе представить уточненную декларацию с измененной налоговой ставкой (0% вместо 20%) при условии, что вместе с уточненной декларацией организация направила сведения, предусмотренные п. 6 ст. 284.1 НК РФ.