В письме от 29.04.2013 № 03-04-07/15155 Минфин РФ разъяснил порядок налогообложения оплаты проезда и проживания физическим лицам, оказывающим услуги (выполняющим работы) в рамках договоров гражданско-правового характера.
Если оплата организацией расходов физических лиц по их проезду и проживанию осуществляется в интересах этих физических лиц (в том числе если такая оплата является частью вознаграждения физического лица за выполненные работы или оказанные услуги), то оплата организацией этих расходов физических лиц признается их доходом, полученным в натуральной форме, а суммы такой оплаты подлежат обложению налогом на доходы физических лиц.
В прочих случаях компенсация организацией расходов физических лиц не является доходом этих физических лиц и не подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц.
Таким образом, облагать или не облагать указанные выплаты налогом, зависит от характера выплат, обозначенных в условиях договора: являются они частью вознаграждения либо носят компенсационный характер, то есть выплачиваются как возмещение понесенных расходов.