Согласно статье 312.1 Трудового кодекса РФ дистанционной работой является выполнение определенной трудовым договором трудовой функции вне места нахождения работодателя, его филиала, представительства, иного обособленного структурного подразделения (включая расположенные в другой местности), вне стационарного рабочего места, территории или объекта, прямо или косвенно находящихся под контролем работодателя, при условии использования для выполнения данной трудовой функции и для осуществления взаимодействия между работодателем и работником по вопросам, связанным с ее выполнением, информационно-телекоммуникационных сетей общего пользования, в том числе сети Интернет.
Поскольку, как следует из приведенного определения дистанционной работы, она осуществляется вне какого-либо подразделения работодателя и вне стационарного рабочего места, признаков наличия обособленного подразделения в рассматриваемой ситуации не имеется. Такой вывод сделан в письме Минфина от 01.12.2014 № 03-04-06/61300.
В соответствии с п. 7 ст. 226 НК РФ совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается в бюджет по месту учета налогового агента в налоговом органе.
Соответственно, организация, производящая выплаты работнику, работающему дистанционно, по заключенному с ним договору, признается налоговым агентом в отношении таких доходов работника и должна исполнять обязанности по исчислению, удержанию и перечислению в бюджет налога на доходы физических лиц. При этом НДФЛ должен быть перечислен в бюджет по месту учета такой организации в налоговом органе.