При выходе участника (физического лица) из общества с ограниченной ответственностью выплаченная ему действительная стоимость доли подлежит обложению налогом на доходы физических лиц на общих основаниях с полной суммы выплаченного дохода.
В отношении указанного дохода организация является налоговым агентом и обязана исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога на доходы физических лиц в общеустановленном порядке с полной суммы выплаченного дохода, а также представить соответствующие сведения в налоговый орган.
В том случае, если подлежащая уплате сумма налога не была удержана налоговым агентом, исчисление и уплата налога производятся налогоплательщиком самостоятельно в соответствии с положениями ст. 228 НК РФ на основании налоговой декларации, представляемой в налоговый орган по окончании налогового периода, в котором был получен доход.
См. письмо ФНС России от 08.11.2013 № БС-4-11/20000.