Пунктом 1 ст. 176 НК РФ установлено, что если по итогам налогового периода сумма налоговых вычетов превышает общую сумму исчисленного НДС, то полученная разница подлежит возмещению (зачету, возврату) налогоплательщику. Обоснованность суммы налога, заявленной к возмещению, налоговый орган проверяет при проведении камеральной налоговой проверки представленной налогоплательщиком налоговой декларации. Камеральная проверка проводится в течение трех месяцев со дня представления декларации. При этом декларация на возмещение налога должна быть представлена в пределах 3-х лет после окончания соответствующего налогового периода.
Письмом от 20.03.2013 № АС-4-3/4811 ФНС России со ссылкой на арбитражную практику разъясняет: если в уточненной налоговой декларации, представленной за пределами трехлетнего срока, отражены налоговые вычеты, которые ранее были заявлены в уточненной налоговой декларации, представленной в пределах установленного трехлетнего срока (то есть налоговые вычеты, отраженные в обеих уточненных налоговых декларациях, не изменились), то в целях применения пункта 2 статьи 173 НК РФ налогоплательщиком соблюден срок заявления сумм НДС к возмещению, установленный данной нормой Кодекса.
Таким образом, если налогоплательщик представил первичную декларацию в установленные сроки (или уточненную декларацию в пределах 3-летнего периода), в которой была заявлена конкретная сумма налоговых вычетов, то при предоставлении уточненной налоговой декларации с суммой налога на возмещение за пределами 3-летнего срока, налогоплательщик имеет право на возмещение налога при условии, что сумма налоговых вычетов по этой декларации не изменилась по сравнению с первичной (или предыдущей уточненной) декларацией.
