По мнению Минфина РФ (письмо от 18.11.2013 № 03-07-14/49507), индивидуальному предпринимателю, прекращающему предпринимательскую деятельность на общем режиме налогообложения, следует представить в налоговый орган уточненные декларации по налогу на добавленную стоимость за те налоговые периоды, в которых суммы этого налога приняты к вычету по товарам, остающимся в собственности физического лица после прекращения им предпринимательской деятельности, и уменьшить налоговые вычеты на суммы налога по таким товарам в соответствующей доле, в частности, с остаточной стоимости основных средств.
В письме также сообщается, что реализация нежилого помещения, которое использовалось для ведения предпринимательской деятельности, относится к продаже имущества в связи с осуществлением предпринимательской деятельности. В связи с этим имущественный налоговый вычет, предусмотренный пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ, физическому лицу не предоставляется.