В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 164 НК РФ при реализации товаров, вывезенных в таможенной процедуре экспорта, налогообложение налогом на добавленную стоимость производится по ставке в размере 0 процентов при условии представления в налоговые органы документов, предусмотренных ст. 165 НК РФ.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 165 НК РФ для подтверждения правомерности применения нулевой ставки НДС в налоговые органы представляется в том числе контракт (копия контракта) российского налогоплательщика с иностранным лицом на поставку товара за пределы единой таможенной территории Таможенного союза.
Таким образом, при реализации одной российской организацией другой российской организации товаров, вывозимых с территории РФ в таможенной процедуре экспорта, нулевая ставка налога на добавленную стоимость не применяется.
Об этом сообщается в письме ФНС России от 17.10.2013 № ЕД-4-3/18594@.