ФНС России письмом от 20.06.2012 № ЕД-4-3/10120@ довела до сведения налоговых органов разъяснения Минфина России о применении НДС в отношении транспортно-экспедиционных услуг, оказываемых российской организацией, не владеющей железнодорожным подвижным составом и контейнерами и не являющейся перевозчиком на железнодорожном транспорте, в отношении товаров, вывозимых за пределы территории РФ, в том числе с использованием нескольких видов транспорта.
Как следует из разъяснений, транспортно-экспедиционные услуги, оказываемые в отношении товаров, перемещаемых в том числе железнодорожным транспортом, между двумя пунктами, расположенными на территории РФ (от места отправления, расположенного на территории РФ, до морского порта или пограничной станции, через которые товар вывозится за пределы РФ), оказываемых российской организацией на основании договора транспортной экспедиции, не предусматривающего организацию международной перевозки, подлежат налогообложению НДС по ставке 18%.