В письме ФНС России от 18.04.2014 № ГД-4-3/7472 разъяснено следующее.
В случае оплаты работ (услуг), выполняемых (оказываемых) сельхозтоваропроизводителями, за счет субсидий из федерального бюджета, предоставленных федеральным бюджетом бюджетам субъектов РФ в рамках Постановления Правительства РФ от 27.12.2012 № 1431, налог на добавленную стоимость по товарам (работам, услугам), приобретенным для использования в производстве и (или) реализации облагаемых НДС работ (услуг), реализуемых сельхозтоваропроизводителями, восстановлению не подлежит.
В случае если субсидии из федерального бюджета выделяются на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), с учетом налога на добавленную стоимость, а также на возмещение затрат по уплате этого налога при ввозе товаров на территорию Российской Федерации, суммы налога, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе по основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, подлежат восстановлению.
