Согласно п. 4.1 ст. 161 НК РФ при реализации на территории РФ имущества, имущественных прав должников, признанных банкротами, налоговая база определяется как сумма дохода от реализации этого имущества с учетом налога. При этом налоговая база определяется налоговым агентом, который обязан исчислить расчетным методом, удержать из выплачиваемых доходов и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога. Налоговыми агентами признаются покупатели (организации или индивидуальные предприниматели) указанного имущества, имущественных прав.
Пунктом 2 Постановления Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ от 25.01.2013 № 11 установлено, что операции, совершаемые конкурсным управляющим или организатором торгов, по реализации имущества индивидуального предпринимателя, признанного банкротом, в ходе конкурсного производства не подлежат обложению налогом на добавленную стоимость. Также не подлежит обложению НДС реализация в ходе конкурсного производства имущества в случаях, подпадающих под положения п. 2 ст. 146 НК РФ (в частности, реализация земельных участков) или ст. 149 НК РФ.
ФНС России в письме от 25.07.2013 № ЕД-4-3/13576@ обращает внимание, что вышеуказанное Постановление Пленума ВАС РФ не содержит оговорки, позволяющей пересматривать вступившие в силу судебные акты по новым обстоятельствам в связи с изменением практики применения правовой нормы.