С 2013 года изменен порядок зачисления налогов, уплачиваемых в связи с применением специальных налоговых режимов (ст. 3 Федерального закона от 25.06.2012 № 94-ФЗ).
Поправками, внесенными в Бюджетный кодекс РФ (п. 2 ст. 611, п. 2 61.2) установлено, что суммы налога, взимаемого в связи с применением патентной системы налогообложения, по нормативу 100% будут зачисляться в бюджеты муниципальных районов и муниципальных округов. В настоящее время суммы налога, взимаемого в виде стоимости патента в связи с применением упрощенной системы налогообложения, зачисляются по нормативу 100% в бюджеты субъектов РФ.
Единый сельскохозяйственный налог, зачисляемый в настоящее время по нормативу 30% в бюджеты субъектов РФ, передается в бюджеты поселений - 15% (всего стало 50%), и в бюджеты муниципальных районов - 15% (всего стало 50%). Суммы единого сельскохозяйственного налога, взимаемого на межселенных территориях и городских округов, будут зачисляться в их бюджеты по нормативу 100%. В настоящее время указанный налог в тот и другой бюджеты зачисляется по нормативу 70%.