В Постановлении Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 26.07.2007 № 47 "О порядке исчисления сумм пеней за просрочку уплаты авансовых платежей по налогам и страховым взносам на обязательное пенсионное страхование" указано, что порядок исчисления указанных пеней не ставится в зависимость от того, уплачиваются ли соответствующие авансовые платежи в течение или по итогам отчетного периода, исчисляются ли они на основе налоговой базы, определяемой в соответствии со ст. ст. 53 и 54 НК РФ и отражающей реальные финансовые результаты налогоплательщика. В случае если по итогам налогового периода сумма исчисленного налога оказалась меньше суммы авансовых платежей, подлежавших уплате в течение этого налогового периода, судам необходимо исходить из того, что пени, начисленные за неуплату указанных авансовых платежей, подлежат соразмерному уменьшению.
По мнению Минфина РФ, высказанному в письме от 16.08.2013 № 03-02-08/33518, указанную позицию Высшего Арбитражного Суда следует учитывать и в случае, когда по итогам налогового периода сумма исчисленного налога, уплачиваемого в связи с применением упрощенной системы налогообложения (исходя из фактически полученных доходов), оказалась меньше суммы авансовых платежей по этому налогу, подлежавших уплате в течение этого налогового периода.
